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共通ルート1
プロローグ1 ブラックリベリオン
プロローグ2 ガンダム破壊命令
プロローグ3 世界最後の日
第1話 ファイティング・ガール
第2話 逃亡者
第3話 太陽の使者 鉄人28号
分岐1
1.カレン達を見送る
1-1.地球でクラッシャー隊に参加→日本ルート
1-2.宇宙でS.M.Sに参加→宇宙ルート
2.カレン達と一緒に行く
2-1.ガンダムと中東へ行く→中東ルート
2-2.黒の騎士団とクメンに行く→クメンルート
日本ルート
第4話 竹尾ゼネラルカンパニー奮戦記
第5話 広報2課の憂鬱
第6話 登場！ ドイツの鬼伯爵！
第7話 対決！ 悲しみの青きドナウ！
→宇宙/日本ルート8話へ
宇宙ルート
第4話 セカンド・カミング
第5話 トゥウィンクル・スター
第6話 忍び寄る脅威
第7話 次元歪曲宙域
→宇宙/日本ルート8話へ
日本/宇宙ルート
第8話 嵐の予兆
第9話 ぼくらはみんな生きている
第10話 平穏との別離
第11話 扉の向こうから
第12話 悪意と嘘を越えて
第13話 時空震源、再び
第14話 動き出す世界
→共通ルート2 15話へ
中東ルート
第4話 迷える戦士達
第5話 OZとアロウズ
第6話 彷徨う天使達
第7話 反逆の翼
→中東/クメンルート8話へ
クメンルート
第4話 アッセンブルEX-10
第5話 渦中
第6話 介入
第7話 暗転
→中東/クメンルート8話へ
中東/クメンルート
第8話 ツインドライブ
第9話 魔神が目覚める日
第10話 もう一人のロックオン
第11話 アレルヤ奪還作戦
第12話 百万のキセキ
第13話 戦雲の扉
第14話 与えられた力
→共通ルート2 15話へ
共通ルート2
第15話 マン・アズ・ビフォー
第16話 次元の心央
第17話 朱禁城の花嫁
第18話 アッシュフォード・ラプソディ
第19話 それぞれの戦場
第20話 白と黒
分岐2
暗黒大陸へ向かう→暗黒大陸ルートへ
宇宙に上がる→宇宙ルート2へ
暗黒大陸ルート
第21話 時の流れに
第22話 出撃！あらたなる戦士たち
第23話 あなたは何もわかっていない
第24話 あなたはもう必要ないのです
→共通ルート3へ
宇宙ルート2
第21話 伝説の歌声
第22話 ランカ・アタック
第23話 悲しみのカトル
第24話 ゼロと呼ばれたG
→共通ルート3へ
共通ルート3
第25話 終わらない約束
第26話 冥府への圓楽
第27話 ゼロVSゼロ
第28話 暗黒よりの使者
第29話 戦士たちの叫び
第30話 一点突破
第31話 ジ・アンブレイカブル
分岐3
陽動部隊に参加するために地上に残る
→地上ルートへ
衛星兵器を破壊するために宇宙へ上がる
→宇宙ルート3へ
地上ルート1
第32話 奪われた鉄人
第33話 ブラック・アヴェンジャー
第34話 亡者再臨
第35話 昨日への決別
宇宙ルート3
第32話 メメントモリ攻略戦
第33話 散りゆく光のなかで
第34話 白い牙
第35話 昨日へのあがき
共通ルート4
第36話 加速する世界
第37話 銀河をステージに
分岐4
本体と共に暗黒大陸へ向かう
→第38話 告げられる絶望
黒の騎士団と共にエリア11へ向かう
→第38話 過去からの刺客
↓
共に共通ルート5へ
共通ルート5
第39話 禁断の継承者
第40話 歌え、誰かのために
分岐5
日本へ向かう→地上ルート2へ
フロンティア船団へ向かう→宇宙ルート4へ
地上ルート2
第41話 遺恨！くろがね屋の一番長い日！
第42話 父ちゃんから受け継いだもの
第43話 闇を断つ牙
→共通ルート6へ
宇宙ルート4
第41話 トライアングラー
第42話 異能者
第43話 修羅
→共通ルート6へ
共通ルート6
第44話 降臨！終末を呼ぶ邪神
第45話 次元力
第46話 失われし聖王国
第47話 死線！総攻撃Dr.ヘル！
第48話 ゴッドブレス・ユニバース
第49話 ゼロとルルーシュ
分岐5
ゼロポイント4以下→通常ルート
ゼロポイント5以上で「ゼロを信じない」を選択
→通常ルート
ゼロポイント5以上で「ゼロを信じてみる」を選択
→ifルート
通常ルート
第50話 皇帝失脚
第51話 シュナイゼルの仮面
第52話 混迷の戦場
第53話 堕ちてくる月
第54話 絶望の世界
第55話 アナタノオト
第56話 BEYOND
第57話 ゼロ・レクイエム
第58話 閃光！！進化の果て
第59話 最後の聖王
最終話 再世の未来
→エンディング
通常ルート
第50話 超合集国決議第壱号
第51話 戦乱の王ピースクラフト
第52話 決死のエンドゲーム
第53話 最後の勝利者
第54話 決戦！！果てなき進化へ！
第55話 復活の暗黒神
第56話 奈落への螺旋
第57話 ネクスト・フロンティア
第58話 革新
第59話 大逆のインサラウム
第60話 再世する次元
→エンディング
